Skibstedgaard er kendt helt tilbage i vikingetiden, hvor hele området var centralt. Arkæologer har for nyligt fundet fundamentet til en stor bygning eller et borganlæg umiddelbart bag den nuværende hovedbygning.
I 1085 samlede Knud den Store en kæmpe flåde med 1000 danske og 60 norske skibe. Historiske kilder fortæller, at denne flåde samlede sig netop i Skibsted Fjord, hvor man ventede på at vinden lagde sig, før man begav sig på vej til England. Men flåden kom aldrig afsted, og denne mislykkede færd huskes som afslutningen på vikingetiden.
